JupyterLab¶
JupyterLab est l'interface utilisateur générale recommandée pour JupyterHub. À partir d'un serveur JupyterLab, vous pouvez gérer vos fichiers et vos répertoires distants et lancer des applications Jupyter comme un terminal, des notebooks (Python 3), RStudio et un bureau Linux.
Vous pouvez ajouter vos propres noyaux (kernels) qui seront affichés comme des applications. Pour configurer ces noyaux, voir Ajouter des noyaux.
Lancer JupyterLab¶
Il existe plusieurs façons de lancer JupyterLab.
Habituellement, on utilise JupyterHub, mais des sites ont récemment déployé Open OnDemand, ce qui permet parfois de lancer l'interface principale. Le tableau suivant indique si l'interface JupyterLab disponible possède ou non toutes les fonctionnalités. S'il existe un lien, il renvoie au serveur JupyterHub ou Open OnDemand de la grappe.
| Grappe | JupyterHub (Disponible) | JupyterHub (Toutes les fonctionnalités) | Open OnDemand (Disponible) | Open OnDemand (JupyterLab) | Open OnDemand (Toutes les fonctionnalités) |
|---|---|---|---|---|---|
| Fir | oui | oui | non | non | non |
| Killarney | non | non | non | non | non |
| Narval | oui | oui | non | non | non |
| Nibi | non | non | oui | oui | oui |
| Rorqual | oui | oui | non | non | non |
| tamIA | non | non | non | non | non |
| Trillium | non | non | oui, demander Jupyter Lab + Alliance software extensions | oui | oui |
| Vulcan | non | non | oui | oui | oui |
Vous pouvez aussi lancer JupyterLab l'installant vous-même dans un environnement virtuel, mais cette méthode est déconseillée et vous ne bénéficierez pas des applications préconfigurées décrites ci-dessous.
Interface JupyterLab¶
Lorsque vous ouvrez JupyterLab dans une de nos nouvelles grappes, un tableau de bord s'affiche avec des boutons pour lancer des applications. Par défaut, il y a Python 3.11, LibreQDA, Mate Desktop (VNC), OpenRefine, RStudio, VS Code et XFCE4 Desktop (VNC). Vous trouverez également des liens vers la collection Globus de la grappe, son portail de tâches, ainsi que des liens vers les pages de documentation. En chargeant des modules, de nouveaux boutons apparaîtront dans le tableau de bord (voir ci-dessous).
Dans la barre de menu du haut, notez que pour fermer votre session, vous pouvez le faire via le menu Fichier. * Panneau de contrôle du Hub : pour arrêter manuellement le serveur JupyterLab et la tâche sur la grappe; ceci est utile lorsque vous souhaitez démarrer un nouveau serveur JupyterLab avec plus ou moins de ressources. * Déconnexion : pour fermer la session, ce qui arrête également le serveur JupyterLab et la tâche sur la grappe. La plupart des autres éléments du menu sont liés aux notebooks et aux applications Jupyter.
Liste des outils (à gauche)¶
Sur le côté gauche se trouve la liste des outils qui vous permet de modifier le contenu du cadre de droite. Les plus importants sont :
Explorateur de fichiers (icône de dossier)¶
C'est ici que vous pouvez naviguer dans vos espaces /home, /project et /scratch. Il est également possible de l'utiliser pour importer des fichiers.
Terminaux et noyaux actifs (icône d'arrêt)¶
Cette option permet d'arrêter les sessions de noyau et de terminal.
Tableaux de bord GPU (icône de carte GPU)¶
Si votre tâche utilise des GPU, cette option vous donne accès à certaines options de surveillance des ressources.
Modules logiciels¶
C'est ici que vous pouvez charger ou décharger les modules logiciels disponibles dans notre environnement. Selon les modules chargés, des icônes redirigeant vers les applications Jupyter correspondantes apparaîtront sous l'onglet Lanceur. Par défaut, nous chargeons plusieurs modules pour vous donner accès aux outils de base.
Le champ de recherche permet de rechercher n'importe quel module disponible et d'afficher le résultat dans le sous-panneau Modules disponibles. Remarque : Certains modules sont masqués jusqu'au chargement de leurs dépendances. Nous vous recommandons de rechercher d'abord un module spécifique avec module spider module_name à partir d'un terminal.
Le sous-panneau suivant affiche la liste des modules chargés pour la session JupyterLab.
Le dernier sous-panneau affiche la liste des modules disponibles, semblable au résultat de module avail. En cliquant sur le nom d'un module, des informations détaillées s'affichent. En cliquant sur le lien Charger, le module est chargé et ajouté à la liste des modules chargés.
Barre d'état (au bas)¶
- Cliquez sur les icônes pour aller à l'outil Terminaux et noyaux actifs.
Applications préconstruites¶
JupyterLab offre l'accès à un terminal, un IDE (bureau), une console Python et plusieurs options pour créer des fichiers texte brut et formatés (markdown). Nous ne présentons ici que les principales applications qui sont compatibles avec notre pile logicielle.
Applications disponibles par défaut¶
Plusieurs modules logiciels sont chargés par défaut pour vous permettre d'y accéder sans aucune action supplémentaire.
Python¶
Un noyau Python, avec la version par défaut, est automatiquement chargé. Cela vous permet de démarrer automatiquement les notebooks Python.
Nous chargeons une version par défaut de Python, mais vous pouvez en utiliser une autre en chargeant une autre version des modules ipython-kernel.
Cet environnement Python n'est pas fourni avec la plupart des paquets préinstallés. Cependant, vous pouvez charger certains modules, comme scipy-stack, pour bénéficier de fonctionnalités supplémentaires.
Vous pouvez également installer des paquets Python directement dans l'environnement du notebook, en exécutant
pip install --no-index package-name
dans une cellule de votre notebook, puis en redémarrant votre noyau.
VS Code¶
VS Code (Visual Studio Code) est un éditeur de code initialement développé par Microsoft, mais qui est un standard ouvert sur lequel code-server s'appuie pour rendre l'application accessible par n'importe quel navigateur.
La version que nous avons installée est livrée avec un grand nombre d'extensions préinstallées. Pour plus de détails, voir Visual Studio Code.
Lors d'une nouvelle session, le démarrage peut prendre jusqu'à 3 minutes.
Il est possible de rouvrir une session active après la fermeture de l'onglet du navigateur.
La session se terminera en même temps que la session JupyterLab.
LibreQDA¶
LibreQDA est une application d'analyse qualitative, dérivée de Taguette.
Cette application permet de lancer une version mono-utilisateur du logiciel, utilisable pour l'analyse de texte.
Lors d'une nouvelle session, le démarrage peut prendre jusqu'à 3 minutes.
Il est possible de rouvrir une session active après la fermeture de l'onglet du navigateur.
La session se terminera en même temps que la session JupyterLab.
RStudio¶
RStudio est un environnement de développement intégré principalement utilisé pour le langage R.
Nous chargeons une version par défaut du logiciel R, mais vous pouvez en utiliser une autre en chargeant une autre version des modules rstudio-server. Veuillez le faire avant de lancer RStudio, sinon vous devrez peut-être redémarrer JupyterLab.
Ceci ouvre ou ouvre de nouveau une interface RStudio dans un nouvel onglet du navigateur.
Il est possible de rouvrir une session active après la fermeture de l'onglet du navigateur.
La session se terminera en même temps que la session JupyterLab.
Important : Fermeture de session RStudio
Notez que le simple fait de quitter RStudio ou de fermer les onglets RStudio et JupyterHub dans votre navigateur ne libère pas les ressources (CPU, mémoire, GPU) ni ne met fin à la tâche Slurm sous-jacente. Veuillez fermer votre session via le menu Fichier > Déconnexion dans l'onglet du navigateur JupyterLab.
MLflow¶
MLflow est une plateforme libre conçue pour aider les praticiens et les équipes d'apprentissage automatique à gérer la complexité du processus. MLflow se concentre sur le cycle de vie complet des projets d'apprentissage automatique, garantissant que chaque phase soit gérable, traçable et reproductible. Une version par défaut de MLflow est chargée, mais vous pouvez en utiliser une autre en chargeant le module mlflow. Consultez notre page MLflow pour plus d'informations sur l'utilisation de MLflow pour le suivi de vos expériences d'IA.
OpenRefine¶
OpenRefine est un outil puissant, gratuit et libre permettant de nettoyer les données désordonnées, de les transformer et de les enrichir pour leur apporter plus de valeur.
Il est couramment utilisé pour corriger les fautes de frappe dans les données d'enquête collectées manuellement.
Lors d'une nouvelle session, le démarrage peut prendre jusqu'à 3 minutes.
Il est possible de rouvrir une session active après la fermeture de l'onglet du navigateur.
La session se terminera en même temps que la session JupyterLab.
Tensorboard¶
Tensorboard fournit la visualisation et les outils nécessaires à l'expérimentation en apprentissage automatique. TensorBoard est un outil permettant de réaliser les mesures et visualisations nécessaires au flux de travail d'apprentissage automatique. Il permet de suivre les métriques expérimentales telles que la perte et la précision, de visualiser le graphe du modèle, de projeter les plongements lexicaux dans un espace de dimension inférieure, et bien plus encore. Nous offrons par défaut une version de tensorboard, mais si un autre module est disponible, vous pouvez en modifier la version. Consultez notre page wiki Tensorboard pour plus de détails sur l'utilisation de ce logiciel.
Bureau¶
Deux environnements de bureau différents sont disponibles par défaut : Mate Desktop et XFCE Desktop. Vous pouvez choisir celui qui vous convient. XFCE offre une interface utilisateur plus moderne, tandis que Mate est plus léger. Ceux-ci ouvrent ou rouvrent une interface de bureau Linux distante dans un nouvel onglet de navigateur.
Cela est comme exécuter un serveur VNC sur un nœud de calcul, puis à créer un tunnel SSH et enfin à utiliser un client VNC. Avec JupyterLab, rien de tout cela n'est nécessaire.
Lors d'une nouvelle session, le démarrage peut prendre jusqu'à 3 minutes.
Il est possible de rouvrir une session active après la fermeture de l'onglet du navigateur.
La session se terminera en même temps que la session JupyterLab.
Terminal¶
JupyterLab vous permet également d'ouvrir une session de terminal native. Cela peut être utile pour exécuter des commandes bash, soumettre des tâches ou modifier des fichiers.
- Le terminal exécute un shell (Bash) sur le nœud de calcul distant, sans la nécessité d'une connexion SSH.
- Donne accès aux systèmes de fichiers distants (
/home,/project,/scratch). - Permet de lancer des tâches de calcul.
- Le terminal permet de copier-coller du texte.
- Pour copier, sélectionnez le texte et appuyez sur Ctrl+C.
Copier/Coller dans le Terminal JupyterLab
Remarque : Généralement, Ctrl+C sert à envoyer un signal SIGINT à un processus en cours d'exécution ou à annuler la commande en cours. Pour obtenir ce comportement dans le terminal de JupyterLab, cliquez dessus pour désélectionner le texte avant d'appuyer sur Ctrl+C.
- Pour coller, appuyez sur Ctrl+V.
Globus¶
Si Globus est disponible sur la grappe que vous utilisez, une icône correspondante s'affichera. Cela ouvrira votre navigateur et la collection Globus correspondante.
Metrix¶
Si le portail de tâches Metrix est disponible sur la grappe que vous utilisez, une icône correspondante s'affichera, ouvrant une page qui montre les statistiques de votre tâche.
Applications disponibles après le chargement d'un module¶
Plusieurs modules que nous fournissons rendent une icône de lancement d'application disponible lors de leur chargement, même si elles ne sont pas chargées par défaut.
Julia¶
Le chargement d'un module ijulia-kernel vous permettra d'ouvrir un notebook avec le langage Julia.
Suite Ansys¶
La suite Ansys propose plusieurs outils offrant une interface utilisateur graphique. Si vous chargez l'un des modules Ansys, une série d'icônes de lancement s'affichera, la plupart fonctionnant via une connexion VNC dans le navigateur.
Ces icônes correspondent aux applications Ansys CFX, Ansys Fluent, Ansys Mapdl et Ansys Workbench.
Ansys Fluent dispose également d'une interface web, accessible via une icône spécifique.
Notez qu'un mot de passe est requis pour se connecter à Ansys Fluent. Ce mot de passe est généré au lancement et enregistré dans votre dossier personnel, dans le fichier $HOME/fluent_webserver_token.
Notez que pour Ansys, vous devrez fournir votre propre licence, comme expliqué sur notre page Ansys.
Ansys EDT¶
Ansys EDT est un module distinct. Charger le module ansysedt fera apparaître une icône de lancement correspondante.
Notez que pour Ansys EDT, vous devrez fournir votre propre licence, comme expliqué sur notre page Ansys EDT.
COMSOL¶
COMSOL est un logiciel polyvalent pour modéliser des applications d'ingénierie.
Pour utiliser ce logiciel, vous devez détenir votre propre licence.
Charger un module comsol ajoutera une icône de lancement qui permet de démarrer l'interface utilisateur graphique de COMSOL via une session VNC. Consultez notre page COMSOL pour plus de détails sur l'utilisation de ce logiciel.
Matlab¶
MATLAB est disponible en chargeant un module matlab. Une icône de lancement sera ajoutée pour démarrer le logiciel via une session VNC. Notez que vous devrez fournir votre propre fichier de licence, comme expliqué sur notre page MATLAB.
NVidia Nsight Systems¶
NVidia Nsight Systems est un outil d'analyse des performances développé principalement pour le profilage des GPU, mais qui permet également de profiler le code CPU.
Le chargement d'un module cuda ou nvhpc rend disponible une icône pour lancer l'interface utilisateur graphique dans une session VNC.
Octave¶
GNU Octave est un langage de programmation scientifique libre largement compatible avec MATLAB. Le chargement d'un module octave ajoute une icône pour lancer l'interface utilisateur graphique d'Octave via une session VNC. Consultez notre page sur Octave pour plus de détails sur l'utilisation de ce logiciel.
ParaView¶
ParaView est un puissant logiciel libre de visualisation. Le chargement d'un module paraview ajoute une icône pour lancer l'interface utilisateur graphique ParaView via une session VNC. Consultez notre page ParaView pour plus de détails sur l'utilisation de ce logiciel.
QGIS¶
QGIS est un puissant logiciel libre de visualisation et de traitement de données de systèmes d'information géographique (SIG). Le chargement d'un module qgis ajoute une icône pour lancer l'interface graphique de QGIS via une session VNC. Consultez notre page QGIS pour plus de détails sur ce logiciel.
Star-CCM+¶
Star-CCM+ de Siemens est un logiciel commercial de simulation numérique pour la dynamique des fluides. Il est disponible en chargeant l'un des modules starccm ou starccm-mixed. Une icône sera ajoutée pour lancer l'interface graphique de Star-CCM+ via une session VNC. Comme pour tous les logiciels commerciaux, vous devrez fournir votre propre licence. Consultez notre page Star-CCM+ pour plus de détails sur l'utilisation de ce logiciel.
Informations additionnelles sur l'exécution des notebooks¶
Notebook Python¶
Si votre notebook requiert l'un des paquets Python scientifiques suivants, avant de l'ouvrir, vous devez charger le module scipy-stack depuis l'outil JupyterLab Modules logiciels :
* ipython, ipython_genutils, ipykernel, ipyparallel
* matplotlib
* numpy
* pandas
* scipy
* Pour plus d'information, voir Pile logicielle SciPy
Installation de paquets Python
Remarque : Vous pouvez également installer les paquets nécessaires en exécutant, par exemple, la commande suivante dans une cellule : pip install --no-index numpy.
Pour certains paquets (comme plotly, par exemple), vous devrez peut-être redémarrer le noyau du notebook avant d'importer le paquet.
L'installation des paquets dans l'environnement du noyau Python par défaut est temporaire, le temps de la session JupyterLab; vous devrez réinstaller ces paquets lors du prochain démarrage d'une nouvelle session JupyterLab. Pour un environnement Python persistant, vous devez configurer un noyau Python personnalisé.
Pour ouvrir un notebook Python existant :
* Retournez à l'Explorateur de fichiers.
* Localisez le fichier *.ipynb.
* Double-cliquez sur le fichier *.ipynb.
* Le notebook Python s'ouvre dans un nouvel onglet JupyterLab.
* Un nouveau noyau IPython démarrera en arrière-plan pour le notebook.
Pour ouvrir un notebook Python dans le répertoire courant de l'Explorateur de fichiers : * Cliquez sur le bouton Python 3.x sous la section Notebook; * ceci ouvre un nouveau notebook Python 3 dans un nouvel onglet JupyterLab; * un nouveau noyau IPython démarrera en arrière-plan pour le notebook.
Exécuter des notebooks en scripts Python¶
-
À partir de la console ou dans une nouvelle cellule d'un notebook, installez
nbconvert: -
Convertissez vos notebooks en scripts Python.
-
Créez une tâche non interactive et soumettez-la.
Dans le script de soumission, exécutez le notebook converti avec
et soumettez votre tâche non interactive avec
Dépannage¶
Message d'erreur : ERROR: Could not install packages due to an OSError: [Errno 30] Read-only file system¶
Ce message peut survenir dans un notebook quand pip essaie de désinstaller un paquet dans un emplacement en lecture seule.
Dans plusieurs cas, vous pouvez utiliser la commande suivante dans la cellule du notebook :
Cette commande installe le paquet qui est la source de l'erreur, mais ne réussit pas toujours pour certains paquets comme pyarrow, opencv, mpi4py.
Si vous avez des questions, contactez le soutien technique.