Slicer/fr
3D Slicer est une plateforme logicielle open source pour l'imagerie médicale numérique, le traitement de l'image et la visualisation 3D. Développée depuis une vingtaine d'années par l'ensemble de ses utilisateurs et avec le soutien des Instituts nationaux de la Santé des États-Unis, 3D Slicer met gratuitement des outils multiplateforme puissants au service des médecins, des chercheurs et du public.
Important
N'utilisez jamais de manière intensive les nœuds de calcul. Lorsque c'est possible, soumettez les tâches en ligne de commande, et si vous devez visualiser les données par l'interface graphique, utilisez un nœud interactif. Un rendu en parallèle sur un nœud de connexion partagé mettra fin à votre session.
Interface graphique utilisateur¶
Assurez-vous que la redirection X11 est activée.
Pour vous connecter avec MobaXTerm, voyez Connexion à un serveur avec MobaXTerm.
Nœuds interactifs¶
Comme le temps d'exécution sur les nœuds de connexion est limité, vous devriez demander une tâche interactive pour disposer d'assez de temps pour explorer et visualiser vos données. Le traitement sera aussi plus rapide puisque vous pourrez utiliser plus de cœurs.
Demandez une tâche interactive, soit :
Ceci vous connectera à un nœud de calcul. Remarquez l'argument --x11.
Vous pouvez maintenant charger Slicer et l'exécuter sur le nœud interactif.
Quand vous aurez quitté Slicer, n'oubliez pas de terminer la tâche interactive.
Ligne de commande¶
Si vous devez exécuter la même tâche avec plusieurs images, ou si vous n'avez pas besoin de voir les images traitées à mesure qu'elles sont créées, vous devriez utiliser l'interface de ligne de commande et des tâches non interactives.
Consultez : * https://discourse.slicer.org/t/rtstruct-to-label-map/2437 * https://discourse.slicer.org/t/slicer-batch-processing-question-no-main-window-python-script/1863