MrBayes/fr

MrBayes est un programme d'inférence bayésienne et de choix de modèles sur une large gamme de modèles phylogénétiques et évolutifs. MrBayes utilise les méthodes de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC) pour estimer la distribution a posteriori des paramètres du modèle.

Trouver les modules disponibles

module spider mrbayes

Pour savoir comment trouver et sélectionner une version de MrBayes avec les commandes module, consultez Utiliser des modules.

Exemples

Travailler en séquentiel

Le script suivant demande un (1) seul cœur de CPU (--cpus-per-task=1). Dans cet exemple, on utilise un fichier en entrée (ici, primates.nex) fourni avec MrBayes.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser  # remplacez par votre compte de chercheur principal
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=3G        # augmentez au besoin
#SBATCH --time=1:00:00          # augmentez au besoin

module load mrbayes/3.2.7
cd $SCRATCH
cp -v $EBROOTMRBAYES/share/exemples/mrbayes/primates.nex .

srun mb primates.nex

Vous pouvez soumettre le script de la tâche avec :

sbatch submit-mrbayes-seq.sh

Travailler en parallèle

MrBayes permet d'utiliser des GPU et plusieurs cœurs sur plusieurs nœuds.

MPI

Le prochain script demande un total de huit (8) cœurs de CPU, sur un ou plusieurs nœuds. Il utilise un fichier en entrée (ici, primates.nex) fourni avec MrBayes.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser  # remplacez par votre compte de chercheur principal
#SBATCH --ntasks=8              # augmentez au besoin
#SBATCH --mem-per-cpu=3G        # augmentez au besoin
#SBATCH --time=1:00:00          # augmentez au besoin

module load mrbayes/3.2.7
cd $SCRATCH
cp -v $EBROOTMRBAYES/share/exemples/mrbayes/primates.nex .

srun mb primates.nex

Le script de la tâche peut être soumis avec :

sbatch submit-mrbayes-parallel.sh

GPU

Le script suivant demande un GPU et utilise un fichier en entrée (ici, primates.nex) fourni par MrBayes.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser  # remplacez par votre compte de chercheur principal
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --gpus=1
#SBATCH --mem-per-cpu=3G        # augmentez au besoin
#SBATCH --time=1:00:00          # augmentez au besoin

module load gcc cuda/12 mrbayes/3.2.7
cd $SCRATCH
cp -v $EBROOTMRBAYES/share/exemples/mrbayes/primates.nex .

srun mb primates.nex

Vous pouvez soumettre le script de la tâche avec :

sbatch submit-mrbayes-gpu.sh

Utiliser des points de contrôle

Recommandation pour les tâches longues

Pour les tâches qui exigent un temps d'exécution considérable, nous vous recommandons fortement de fractionner le travail en plusieurs tâches plus petites, car les tâches de longue durée sont plus susceptibles d'être interrompues en raison d'une panne matérielle ou de travaux de maintenance.

Heureusement, MrBayes offre un mécanisme de points de contrôle qui vous permet d'enregistrer le résultat d'une tâche et de reprendre le travail avec une autre tâche.

Dans l'exemple suivant, le calcul s'effectue en deux étapes, via deux tâches soumises l'une à la suite de l'autre. Nous avons créé les fichiers job1.nex et job2.nex qui sont identiques, sauf pour la commande append sur la dernière ligne du deuxième script.

execute primates.nex;

mcmc ngen=10000000 nruns=2 temp=0.02 mcmcdiag=yes samplefreq=1000
stoprule=yes stopval=0.005 relburnin=yes burninfrac=0.1 printfreq=1000
checkfreq=1000;

execute primates.nex;

mcmc ngen=20000000 nruns=2 temp=0.02 mcmcdiag=yes samplefreq=1000
stoprule=yes stopval=0.005 relburnin=yes burninfrac=0.1 printfreq=1000
append=yes checkfreq=1000;

Créez ensuite le script pour la tâche. Dans cet exemple, nous utilisons un vecteur de tâches. Dans ce cas-ci, nous n'avons besoin que d'un (1) script et une (1) seule commande sbatch pour lancer les deux (2) tâches et ainsi l'ensemble des calculs. Voir Vecteur de tâches pour plus d'information au sujet du paramètre --array et de la variable $SLURM_ARRAY_TASK_ID.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser  # remplacez par votre compte de chercheur principal
#SBATCH --ntasks=8              # augmentez au besoin
#SBATCH --mem-per-cpu=3G        # augmentez au besoin
#SBATCH --time=1:00:00          # augmentez au besoin
#SBATCH --array=1-2%1           # faites correspondre le nombre de sous-tâches, seulement 1 à la fois

module load gcc mrbayes/3.2.7
cd $SCRATCH
cp -v $EBROOTMRBAYES/share/exemples/mrbayes/primates.nex .

srun mb job${SLURM_ARRAY_TASK_ID}.nex

Vous pouvez soumettre l'exemple avec :

```bash sbatch submit-mrbayes-cp.sh