SAIGE/fr

SAIGE est un paquet R développé avec Rcpp pour l’étude d'associations pangénomiques avec les grands ensembles de données et les biobanques.

Cette méthode :

tient compte de la parenté des échantillons sur la base des modèles mixtes généralisés;
permet l'ajustement des modèles selon une matrice de relations génétiques complète ou clairsemée (GRM);
fonctionne pour les traits quantitatifs et binaires;
gère le déséquilibre des traits binaires dans les cas témoin;
produit des calculs efficaces pour les grands ensembles de données;
effectue des tests d'association à un seul variant;
fournit une estimation de la taille de l'effet grâce à la régression logistique à biais réduit de Firth;
effectue l'analyse d'association conditionnelle.

Cette page décrit l'installation du paquet 1.0.0 de SAIGE.

Installation dans l'environnement StdEnv/2020¶

Chargez les modules nécessaires.

module load StdEnv/2020 gcc/9.3.0 r/4.2.2 savvy/2.1.0 superlu/5.2.1 flexiblas/3.0.4

Créez le répertoire d'installation.

mkdir -p ~/.local/R/$EBVERSIONR/
export R_LIBS=~/.local/R/$EBVERSIONR/

Installez les dépendances de R.

Précision sur les versions

Il est important d'installer exactement ces versions. Si au cours de l'installation on vous demande d'installer la plus récente version d'une dépendance, appuyez sur Entrée pour refuser.

R -e 'install.packages("remotes", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("Rcpp", version="1.0.10", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("RcppParallel", version="5.1.6", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("data.table", version="1.17.8", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("RcppArmadillo", version="14.0.2-1", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("SPAtest", version="3.1.2", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("RcppEigen", version="0.3.3.9.3", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("BH", version="1.81.0-1", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("optparse", version="1.7.3", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("SKAT", version="2.2.5", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("MetaSKAT", version="0.82", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("qlcMatrix", version="0.9.5", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("RhpcBLASctl", version="0.23-42", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("RSQLite", version="2.3.8", repos="https://cloud.r-project.org/")'
R -e 'remotes::install_version("dplyr", version="1.1.0", repos="https://cloud.r-project.org/")'

Téléchargez la version 1.0.0 de SAIGE.

git clone --recursive https://github.com/saigegit/SAIGE.git -b 1.0.0
cd SAIGE/

Modifiez l'installation.
```
rm configure
sed -i 's/llapack/lflexiblas/' src/Makevars
```
Supprimez d'abord le fichier configure pour éviter d'installer des dépendances qui sont déjà disponibles. Ensuite, modifiez le nom de la bibliothèque pour qu'elle utilise le fichier Makevars et que les options utilisent FlexiBLAS. Vous évitez ainsi d'obtenir le message d'erreur unable to find -llapack à l'installation. Pour plus d'information, lisez BLAS et LAPACK.
Compilez et installez.
```
R CMD INSTALL .
```
Effectuez un test.

```bash R -e 'library(SAIGE)'