PyRETIS/fr

PyRETIS est une bibliothèque Python pour les simulations moléculaires d'événements rares utilisant des méthodes basées sur l'échantillonnage d'interfaces de transition (TIS, transition interface sampling) et l'échantillonnage d'interfaces de transition par échange de répliques (RETIS, replica exchange transition interface sampling).

Installation¶

L'Alliance de recherche numérique du Canada (l'Alliance) propose des wheels Python précompilés pour PyRETIS (voir les wheels disponibles) qui sont compatibles avec certaines versions de Python et peuvent être installés dans un environnement virtuel Python.

En date de juillet 2020, PyRETIS 2.5.0 est compatible avec les versions Python 3.6 et 3.7. Selon les directives d'installation, la dépendance MDTraj doit être installée après PyRETIS.

Pour créer un environnement virtuel Python, entrez les commandes suivantes. Les lignes débutant par # sont des commentaires, celles par $ indiquent une invite de commande standard, et celles par (env_PyRETIS) $ indiquent une invite avec l'environnement virtuel activé.

# Chargez le module Python que vous voulez utiliser, par exemple python/3.7 :
$ module load python/3.7

# Créez un environnement virtuel
$ virtualenv --no-download ~/env_PyRETIS

# Activez l'environnement virtuel
$ source ~/env_PyRETIS/bin/activate

# Installez PyRETIS puis mdtraj
(env_PyRETIS) $ pip install --no-index pyretis
(env_PyRETIS) $ pip install --no-index mdtraj

# Exécutez PyRETIS
(env_PyRETIS) $ pyretisrun --help

Pour utiliser pyretisrun (dans vos scripts par exemple), vous n'avez qu'à activer l'environnement virtuel à nouveau avec :

source ~/env_PyRETIS/bin/activate
pyretisrun --input INPUT.rst  --log_file LOG_FILE.log

Configuration pour PyVisA

PyRETIS inclut l'outil d'analyse PyVisA, dont l'interface utilisateur graphique (GUI) requiert PyQt5 pour fonctionner. PyQt5 est fourni par le module Qt. Pour que votre environnement virtuel Python puisse détecter PyQt5, il est primordial de charger les modules Python et Qt avant d'activer votre environnement virtuel, comme ceci :

$ module load python/3.7 qt/5.11.3
$ source ~/env_PyRETIS/bin/activate
(env_PyRETIS) $ pyretisanalyse  -pyvisa  ...

Utilisation¶

Consultez la documentation officielle et les articles suivants :

Lervik A, Riccardi E, van Erp TS. PyRETIS: A well-done, medium-sized python library for rare events. J Comput Chem. 2017;38: 2439–2451. doi:10.1002/jcc.24900
Riccardi E, Lervik A, Roet S, Aarøen O, Erp TS. PyRETIS 2: An improbability drive for rare events. J Comput Chem. 2020;41: 370–377. doi:10.1002/jcc.26112