Skip to content

DL POLY/fr

Généralités

DL_POLY est un logiciel classique de simulation en mécanique moléculaire. Sa conception permet de l’utiliser avec un ordinateur à processeur unique ou avec un ordinateur parallèle haute performance. DL_POLY_4 permet des opérations d'entrée/sortie entièrement parallèles et une alternative NetCDF (avec dépendance à une bibliothèque HDF5) aux fichiers de trajectoire ASCII par défaut.

Voir cette liste de diffusion

Licence

DL_POLY est maintenant open source et il n'est pas nécessaire de vous enregistrer. Le nouveau module dl_poly4/5.1.0 est installé sous StdEnv/2023 et est disponible à toutes et à tous. Cependant, si vous voulez utiliser une version antérieure (dl_poly4/4.10.0 et/ou dl_poly4/4.08), écrivez au soutien technique et demandez de vous ajouter à un groupe POSIX qui contrôle l'accès à DL_POLY4. Il n'est pas nécessaire de vous enregistrer sur le site web de DL_POLY.

Modules

Pour connaître les versions disponibles, lancez module spider dl_poly4. La commande module est décrite dans la page Utiliser des modules.

Chargez la version 5.x avec :

module load StdEnv/2023 intel/2023.2.1 openmpi/4.1.5 dl_poly4/5.1.0

Pour charger la version précédente 4.10.0, utilisez :

module load StdEnv/2023 intel/2020.1.217 openmpi/4.0.3 dl_poly4/4.10.0

Prenez note que cette version doit être ajoutée à un groupe POSIX, comme décrit ci-dessus dans Licence.

L’interface graphique Java n’est pas offerte.

Scripts et exemples

Les fichiers d’entrée CONTROL et FIELD proviennent de l’exemple TEST01 téléchargé à partir de exemples DL_POLY.

Pour lancer une simulation, il faut au moins les trois fichiers suivants :

  • CONFIG : boîte de simulation (coordonnées atomiques)
  • FIELD : paramètres de champs de force
  • CONTROL : paramètres de simulation (pas, nombre d’étapes, ensemble de simulation, etc.)
CONTROL
SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS)

restart scale
temperature           500.0
equilibration steps   20
steps                 20
timestep              0.001

cutoff                12.0
rvdw                  12.0
ewald precision       1d-6  

ensemble nvt berendsen 0.01

print every           2
stats every           2
collect
job time              100
close time            10

finish
FIELD
SODIUM CHLORIDE WITH EWALD SUM (27000 IONS)
units internal
molecular types 1
SODIUM CHLORIDE
nummols 27
atoms 1000
Na+          22.9898         1.0  500
Cl-           35.453        -1.0  500
finish
vdw    3 
Na+     Na+     bhm      2544.35      3.1545      2.3400   1.0117e+4   4.8177e+3
Na+     Cl-     bhm      2035.48      3.1545      2.7550   6.7448e+4   8.3708e+4
Cl-     Cl-     bhm      1526.61      3.1545      3.1700   6.9857e+5   1.4032e+6
close
run_serial_dlp.sh
#!/bin/bash

#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2500M      # memory; default unit is megabytes.
#SBATCH --time=0-00:30           # time (DD-HH:MM).

# Load the module:

module load StdEnv/2023  
module load intel/2023.2.1  openmpi/4.1.5 dl_poly4/5.1.0

echo "Starting run at: `date`"

dlp_exec=DLPOLY.Z

${dlp_exec}

echo "Program finished with exit code $? at: `date`"
run_mpi_dlp.sh
#!/bin/bash

#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2500M      # memory; default unit is megabytes.
#SBATCH --time=0-00:30           # time (DD-HH:MM).

# Load the module:

module load StdEnv/2023  
module load intel/2023.2.1  openmpi/4.1.5 dl_poly4/5.1.0

echo "Starting run at: `date`"

dlp_exec=DLPOLY.Z

srun ${dlp_exec}

echo "Program finished with exit code $? at: `date`"

Logiciels connexes