Parasail/fr

parasail est une bibliothèque SIMD C (C99) qui contient des implémentations d'algorithmes d'alignement de séquences par paires Smith-Waterman (alignement local), Needleman-Wunsch (alignement global) et d'autres alignements semi-globaux.

Note

Depuis StdEnv/2023, l'extension parasail-python fait partie du module parasail. Avec StdEnv/2020, le module doit cependant être chargé pour que l'extension Python soit installée dans un environnement virtuel.

Utilisation

Pour connaître la version disponible, utilisez :

module spider parasail

Chargez la bibliothèque avec :

module load parasail/2.6.2

Avec le binaire parasail_aligner

Il est important de définir le nombre de fils selon le nombre de cœurs alloués à votre tâche, par exemple :

parasail_aligner -t ${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1} ...

Extension Python

Le module contient des liaisons pour plusieurs versions de Python. Pour connaître les versions compatibles de Python, lancez :

module spider parasail/1.3.4

Utiliser l'extension

1. Chargez les modules requis.

   module load parasail/2.6.2 python/3.11 scipy-stack/2023b
   

2. Importez parasail 1.3.4.

   python -c "import parasail"
   

   L'importation est réussie quand la commande ne retourne rien.

Exemple

Comparez les résultats d'un alignement local avec BioPython et parasail.

1. Préparez le script Python.

   parasail-sw.py

   import parasail
   from Bio.Align import PairwiseAligner
   
   A = "ACGT" * 1000
   
   # parasail
   matrix = parasail.matrix_create("ACGT", 1, 0)
   parasail_score = parasail.sw(A, A, 1, 1, matrix).score
   
   # biopython
   bio_score = PairwiseAligner().align(A, A)[0].score
   
   print('parasail:', parasail_score)
   print('biopython:', bio_score)
   

2. Préparez le script de soumission selon votre environnement.

   StdEnv par défautStdEnv/2020

   submit-parasail.sh

   #!/bin/bash
   #SBATCH --account=def-someuser  # remplacer par votre compte de projet de recherche
   #SBATCH --cpus-per-task=1
   #SBATCH --mem-per-cpu=3G      # augmentez au besoin
   #SBATCH --time=1:00:00
   
   module load parasail/2.6.2 python/3.11 scipy-stack/2023b
   
   # Installez toute autre dépendance, comme Biopython
   virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/env
   source $SLURM_TMPDIR/env/bin/activate
   pip install --no-index --upgrade pip
   pip install --no-index biopython==1.83
   
   python parasail-sw.py
   

   2.1. Identifiez d'abord les roues disponibles :

   avail_wheel parasail
   

   name      version    python    arch
   --------  ---------  --------  -------
   parasail  1.2.4      py2,py3   generic
   

   Installez maintenant la version choisie dans votre environnement virtuel.

   submit-parasail.sh

   #!/bin/bash
   #SBATCH --account=def-someuser  # remplacer par votre compte de projet de recherche
   #SBATCH --cpus-per-task=1
   #SBATCH --mem-per-cpu=3G      # augmentez au besoin
   #SBATCH --time=1:00:00
   
   module load StdEnv/2020 gcc parasail/2.5 python/3.10
   
   # Installez toute autre dépendance, comme Biopython
   virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/env
   source $SLURM_TMPDIR/env/bin/activate
   pip install --no-index --upgrade pip
   pip install --no-index parasail==1.2.4 biopython==1.83
   
   python parasail-sw.py
   

3. Soumettez la tâche avec :

   sbatch submit-parasail.sh
   

4. Une fois la tâche terminée, vérifiez le résultat dans le fichier de sortie de l'ordonnanceur Slurm.

   less slurm-*.out
   

   parasail: 4000
   biopython: 4000.0
   

Paquets Python disponibles

Les exigences des paquets Python qui dépendent de parasail seront satisfaites en chargeant le module parasail.

pip list | grep parasail

```text parasail 1.3.4