BEAST/fr

Description

BEAST est une application multiplateforme pour l’analyse bayésienne MCMC de séquences moléculaires, spécifiquement pour les phylogénies enracinées chronologiques inférées par des modèles d’horloge moléculaire stricte ou relaxée. On l’utilise comme méthode de reconstruction de phylogénies, mais BEAST est aussi un environnement de test pour les hypothèses sur l’évolution sans conditionnement d’une topologie arborescente. La méthode MCMC est utilisée pour faire la moyenne d’une partie d’un arbre afin que chacun des arbres reçoive un poids proportionnel à sa probabilité antérieure.

BEAST peut utiliser la bibliothèque de haute performance beagle-lib pour effectuer les calculs à la base des bibliothèques phylogénétiques bayésiennes ou utilisant l’estimation du maximum de vraisemblance.

Utilisation

Le chargement du module BEAST avec module load beast charge également les modules dépendants beagle-lib et java, et configure la variable d’environnement EBROOTBEAST pour la diriger vers le répertoire qui contient les fichiers de l’application.

Extensions

BEAST est installé sans paquets d'extension. Pour les ajouter à votre répertoire personnel, utilisez les commandes suivantes : * packagemanager pour les versions de BEAST 2.5.1 et ultérieures; * addonmanager pour les versions antérieures à 2.5.1.

BEAST 2.5.x et versions ultérieuresBEAST 2.4.x et versions antérieures

module load beast/2.5.1
packagemanager -list

Nom	Statut d'installation	Dernière version	Dépendances	Description
BEAST	2.5.1	2.5.0		Cœur de BEAST
bacter	N/A	2.2.0		Inférence d'ARG bactériens.
BADTRIP	N/A	1.0.0		Inférence du temps de transmission pour [...]
SNAPP	N/A	1.4.1		Phylogénies SNP et AFLP

packagemanager -add SNAPP

Le paquet SNAPP est installé dans ~/.beast/2.5/SNAPP.

packagemanager -list

Nom	Statut d'installation	Dernière version	Dépendances	Description
BEAST	2.5.1	2.5.0		Cœur de BEAST
SNAPP	1.4.1	1.4.1		Phylogénies SNP et AFLP

module load beast/2.4.0
addonmanager -list

Nom	Statut d'installation	Dernière version	Dépendances	Description
BEAST	2.4.0	2.4.8		Cœur de BEAST
bacter	non installé	1.2.3		Inférence d'ARG bactériens.
BASTA	non installé	2.3.2		Approximation bayésienne structurée du coalescent
SNAPP	non installé	1.3.0		Phylogénies SNP et AFLP

addonmanager -add SNAPP

Le paquet SNAPP est installé dans ~/.beast/2.4/SNAPP.

addonmanager -list

Nom	Statut d'installation	Dernière version	Dépendances	Description
BEAST	2.4.0	2.4.8		Cœur de BEAST
SNAPP	1.3.0	1.3.0		Phylogénies SNP et AFLP

Pour plus d'informations, consultez la section Machines serveurs à l'adresse suivante : http://www.beast2.org/managing-packages/.

Script de base

simple_beast_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --time=3:00:00
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M

module load beast/2.6.3

beast input_beast.xml

Script nécessitant plus de mémoire

high_memory_beast_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --time=3:00:00
#SBATCH --mem-per-cpu=4000M

# Augmenter la mémoire maximale ici si nécessaire :
# "BEAST_MEM" doit être de 250 Mo inférieur à "--mem="
BEAST_MEM="-Xmx3750M"

module load beast/2.6.3

# Définir les variables pour localiser BEAST et BEAGLE-lib
BEAST_LIB="${EBROOTBEAST}/lib"
BEAST_EXTRA_LIBS="${BEAST_LIB}:${BEAGLE_LIB}"
export LD_LIBRARY_PATH="${BEAGLE_LIB}:${LD_LIBRARY_PATH}"

# Construire une longue commande Java :
CMD="java -Xms256m ${BEAST_MEM}"                                           # définir la mémoire
CMD="$CMD -Djava.library.path=${BEAST_EXTRA_LIBS}"                         # indiquer les bibliothèques
CMD="$CMD -cp ${BEAST_LIB}/launcher.jar beast.app.beastapp.BeastLauncher" # programme à exécuter

echo ".................................."
echo "La commande Java est : \"${CMD}\""
echo ".................................."

# Exécuter la commande :
$CMD -beagle  input_beast.xml

Références

• BEAST