GRRM/fr

Le programme de cartographie globale des routes de réaction (GRRM®) est un logiciel commercial développé pour l'analyse des chemins de réaction chimique; ce programme est capable d'explorer de manière exhaustive la surface d'énergie potentielle d'un ensemble d'atomes, trouvant automatiquement les géométries moléculaires des réactifs, des états de transition et des produits. GRRM23 fonctionne en conjonction avec des logiciels de chimie quantique tels que, mais sans s'y limiter, Gaussian 16.

Entente de licence

Pour obtenir une licence (et les prix), veuillez soumettre une demande à l'adresse suivante : https://global.hpc.co.jp/contact/. Vous pouvez également contacter Kenshiro Kimura pour obtenir des instructions sur la demande de GRRM23. GRRM23 utilise une approche de licence flottante pour valider les utilisateurs; cela nécessite la mise en place d'un serveur de licences. À cette fin, HPC SYSTEMS Inc., la société qui vend GRRM23, permet aux utilisateurs de se connecter aux serveurs de licences situés sur leur site au Japon, sans frais supplémentaires. Alternativement, un serveur de licences peut être mis en place à l'université de l'utilisateur au Canada; pour cette option, veuillez contacter le support technique de HPC SYSTEMS Inc.

Instructions d'installation

Après avoir acheté une licence, les utilisateurs recevront un lien et des instructions pour télécharger un fichier compressé tar.bz2. Téléchargez le fichier et suivez les instructions ci-dessous (substituez le chemin vers votre répertoire personnel réel là où /home/user est mentionné).

Dans votre répertoire personnel, créez un répertoire pour l'installation et un autre pour les exécutables :

mkdir GRRM23_Installation
mkdir GRRM23_RUN

Déplacez le fichier compressé GRRM23 vers $HOME/GRRM23_Installation et extrayez-le à cet endroit :

cd GRRM23_Installation
tar xjf GRRM23.tar.bz2

L'extraction du tar.bz2 devrait générer un script d'installation (install.sh); depuis /home/user/GRRM23_Installation, exécutez le script comme suit :

./install.sh /home/user/GRRM23_RUN

L'installation vous présentera l'écran suivant :

Installation configuration:
GRRMroot = /home/user/GRRM23_RUN
Intel MPI installation prefix = /home/user/GRRM23_RUN/mpi-rt
Are you sure to start installation? [Y/n]

Tapez « Y » et appuyez sur « Entrée » pour poursuivre l'installation. Une fois l'installation terminée, un message « GRRM INSTALLATION DONE » devrait apparaître :

Installing Intel MPI ... done successfully.
Installing GRRM binary ...done successfully.
Installing STLib ...done successfully.

GRRM INSTALLATION DONE.
IMPORTANT[1]: Before using GRRM, please insert lines below to your shell (/bin/bash) configuration file.
IMPORTANT[2]: Please consult your system administrator about the STLM server IP address and port number.

source /home/user/GRRM23_RUN/mpi-rt/mpi/2021.6.0/env/vars.sh
export PATH="/home/user/GRRM23_RUN:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="/home/user/GRRM23_RUN:${LD_LIBRARY_PATH}"
export GRRMroot="/home/user/GRRM23_RUN"
export subgrr="GRRM23.out"
export subgau=""
export subchk=""
export subuchk=""
export submol=""
export subsiesta=""
export submpi="mpirun"
export I_MPI_FABRICS="shm:tcp"
export I_MPI_FALLBACK=0
export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP="ssh"
export STLM_SERVER_ADDRESS="XXX.XXX.XXX.XXX"
export STLM_SERVER_PORT=XXXXX

Copiez les dernières lignes (de « source » à la dernière ligne « export ») dans votre fichier .bashrc situé dans votre répertoire personnel. Étant donné que G16 n'est pas chargé sur les nœuds de connexion de l'Alliance, vous devez ajouter manuellement g16, formchk et unfchk aux lignes correspondantes ci-dessous (subgau, subchk et subunchk, respectivement). Pour valider votre licence, veuillez remplacer les valeurs XXX pour STLM_SERVER_ADDRESS et STLM_SERVER_PORT par les informations fournies par HPC SYSTEMS Inc. pour votre licence (HPC SYSTEMS Inc. enverra ces informations aux utilisateurs par courriel) :

source /home/user/GRRM23_RUN/mpi-rt/mpi/2021.6.0/env/vars.sh
export PATH="/home/user/GRRM23_RUN:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="/home/user/GRRM23_RUN:${LD_LIBRARY_PATH}"
export GRRMroot="/home/user/GRRM23_RUN"
export subgrr="GRRM23.out"
export subgau="g16"
export subchk="formchk"
export subuchk="unfchk"
export submol=""
export subsiesta=""
export submpi="mpirun"
export I_MPI_FABRICS="shm:tcp"
export I_MPI_FALLBACK=0
export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP="ssh"
export STLM_SERVER_ADDRESS="XXX.XXX.XXX.XXX"
export STLM_SERVER_PORT=XXXXX

Sourcez votre fichier .bashrc et déconnectez-vous :

source /home/user/.bashrc
exit

Après vous être connecté, tapez GRRM23p dans le terminal. Si l'installation a réussi, le texte suivant devrait apparaître :

USAGE: GRRMp [input file name] (-p[Nproc]) (-h[Hour]) (-w/xxx/xxx) 
(-f[machine_file]) (-c[Ncore])

Les systèmes Fir et Nibi ont G16 installé pour leurs utilisateurs. Les nœuds de calcul sur les deux systèmes peuvent se connecter à Internet pour se connecter à tout serveur de licences requis.

Exécution de GRRM

Pour des exemples de fichiers d'entrée, veuillez vous référer au manuel de l'utilisateur de GRRM23. Généralement, GRRM23 ne nécessite qu'un seul fichier d'entrée (Job.com) contenant les coordonnées cartésiennes d'une molécule ainsi que les options de méthodologie; dans certains cas, GRRM23 nécessitera le fichier de sortie d'une tâche GRRM23 précédente.

Exemple de script Slurm pour un nœud unique

Pour un nœud unique (-N 1) et 12 cœurs (-n 12), exécuté depuis le répertoire /scratch de l'utilisateur :

#!/bin/bash
#SBATCH -t 1-00:00
#SBATCH -J Job_SLURM
#SBATCH -o Job.SLURMout
#SBATCH -e Job.SLURMerr
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 12
#SBATCH --mem-per-cpu=4000M
#SBATCH --account=def-users_account

input=Job

cd /home/user/scratch/

module load gaussian/g16.c01
export GAUSS_SCRDIR=/home/user/scratch/

GRRM23p ${input} -p1 -s80000

• -p1 : nombre de processus parallèles;
• -s80000 : indique quand créer un fichier de checkpoint (en secondes); vous devez spécifier à GRRM23 quand créer ces fichiers de checkpoint afin qu'une tâche interrompue ou tuée puisse être redémarrée correctement.

Exemple avec ORCA

#!/bin/bash
#SBATCH -t 0-18:00
#SBATCH -J glucose_SLURM
#SBATCH -o glucose.SLURMout
#SBATCH -e glucose.SLURMerr
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 16
#SBATCH --mem-per-cpu=4000M
#SBATCH --account=def-users_account

input=glucose

cd /home/user/scratch/Pyrolysis_of_Models/glucose

module load StdEnv/2023  gcc/12.3  openmpi/4.1.5
module load orca/6.0.0

GRRM23p ${input} -p1 -h15

Exemple de script Slurm pour plusieurs nœuds

Actuellement, étant donné que nous utilisons principalement GRRM23 avec G16, nous ne pouvons utiliser qu'un seul nœud, conformément aux politiques de licence de Gaussian16.

Ressources externes

Manuels d'utilisateur de GRRM : https://afir.sci.hokudai.ac.jp/manual/

Remerciements

Cette documentation a été contribuée par Eduardo Romero Montalvo.